Количество запросов в MySQL  регулируется встроенной возможностью в MySQL.  Показания снимаются раз в минуту и делятся на 60 секунд. Соответственно если за минуту у вас было 120 заходов на сайт, это создаст в статистике 120 соединений к базе и в график попадет как среднее - 2 запроса за секунду. 

Важно: лимит на тарифе (например 5 c Первого по Шестой тариф) - работает как ограничение. Если у вас будет более чем 5 одновременных запросов к серверу, что равно 18000 посещений (hits) в час, не считая запросы к статическим файлам, у вас появится ошибка Drupal о не возможности связаться с базой, ошибка max_user_connections exeeded. Положительный момент - физическое ограничение работает на каждого MySQL пользователя отдельно. Так что проблема на одном сайте, не создаст проблем на другом.

Что делать: в первую очередь вам надо проверить закладку "По пользователям MySQL" и выяснить, какой пользователь создает эту нагрузку. После этого выяснить, к какому сайту принадлежит база и пользователь, и посмотреть логи доступа к сайту (файл в папке  ~/domains/logs/имя домена.log. Если у вас его нет, вам надо включить его в настройках домена в Панели Управления -> Домены -> Редактировать. Учтите, что если вы не включите awstats - лог будет расти и занимать много места). Возможно вы увидите, что идет очень много запросов к одному из новых модулей на вашем сайте и проблема именно в этом. Если самостоятельный поиск ничего не даст - пишите нам, поможем.

Частые случаи: Самый распространенный  случай - вы используете одного пользователя для всех ваших сайтов и разделяете их только префиксами в базе данных. Рекомендуем в таком случае разделить все сайты на разные базы данных и пользователей  MySQL.

Так же часто бывает проблема из-за установленного стороннего движка магазина, форума или блога с включенным MySQL Persist Connections. Тут мы рекомендуем внимательно почитать настройки и отключить эту опцию. Drupal ее не использует.

Намного реже бывает проблема из-за установки нестабильного модуля на сайт. Настоятельно рекомендуем использовать на ваших сайтах только стабильные версии модулей.