Сам поиск с помощью Sphinx отличается от стандартного Search гораздо большим быстродействием, дает меньшую нагрузку на сервер, более гибок в настройке (в частности, поддерживает возможность морфологического и других вариантов поиска). Надо только учитывать, что иногда стандартные варианты настройки хоть и универсальны, но могут не подходить к конкретному варианту. Соответственно придется вручную корректировать настройки поискового индекса. В этом еще одно преимущество над стандартным Search - там все настройки ограничены только тем, что дают модули, при использовании Sphinx вы уже можете использовать гораздо более простой модуль с интеграцией, а настроить параметры поиска через конфигурационный файл.

В целом его имеет смысл использовать вместо стандартного в любом случае, где нужно более или менее гибкое решение и особенно при больших объемах данных (в частности при количестве материала более 1000 использование Sphinx позволит значительно снизить системную нагрузку на БД от сайта, а при количестве материала более 5000 обычный модуль Search скорее всего не справится.